从澳门外港到香港机场飞台湾，在澳门这边出入

本人有澳门的逗留D签注，现在要直接从澳门外港码头坐船去香港机场（海空联运），返回的时候要空海联运，直接从海天码头坐船回澳门。但是因为是去台湾，持的是空白的大陆护照和入台证（在澳门办的，没有大三通证）。入台证台湾出境的时候会被收走。如果我拿护照和入台证出澳门海关，回来的时候看到我只有一本空白护照会不会不让我入境？所以想请问在澳门这边出境的时候是用自己的护照还是港澳通行证出境？