两次入境的申根签证有效期内是否可以进入保加

签证类型里有一项是选择几次进入申根国家的，你选2次即可。根据保加利亚共和国政府2012年1月27日48号决议，持有效申根签证及由包括瑞士和列支敦士登在内的申根国家颁发的有效长期居留签证及居留许可人员可进入保。
持有一次有效入境申根签证的中国公民可先来保、后去申根区国家；持两次或多次申根签证的人可在有效期内进入保加利亚。

建议你做出 申根国-保加利亚-申根国 的行程单，以此为理由向领馆解释和要求2次入境签。只是在表格上打勾的话，领馆不一定会理会。
签证类型汇总贴http://www.usihai.com/thread-800907-1.html

你申请申根签就选个多次呗，管他两次三次。我每次去一次也都是能申请就申请多次、一年，多方便哪!