从上海飞香港 再到澳门 然后从澳门飞巴厘岛 从

你不能飞香港，只能上海-澳门。如果你要上海-HK-澳门，一定要有通行证（上海-HK段）另外，你用什么证件进出香港/澳门不一定要一样，只是你过关的时候，两本证件都要带上，因为出入境可以查出入境记录（我就是用通行证过香港然后护照出香港的）

香港过境http://www.immd.gov.hk/sc/services/hk-visas/overseas-chinese-entry-arrangement/mainland-china.html#transit
澳门过境http://www.fsm.gov.mo/psp/cht/psp_top5_2_1.html
去程至少可以凭护照和飞巴厘岛机票入境香港或澳门其中一地逗留七天。

上海-HK 通行证；HK-澳门-巴厘岛 护照+机票预订单。
或者改行程，上海-HK-巴厘岛-澳门-上海，全程护照OK。

只是转机不用办通行证，全程用护照就行。