请教JR东京站的问题

我们打算买metro的二日券，所以想住在metro站附近，最后一天去茨城机场要在JR东京站坐车。

请问JR东京站有metro的车么，还是只是JR的列车？地铁图看得不是很清楚。

假如我们不住在JR东京站附近，要想在星期六的早上八九点钟拖着大行李箱乘地铁过去方便吗？因为听说日本的早高峰地铁很恐怖，不知道周六是不是也是这样。

谢谢。