关于经香港入台湾机票购买的问题

我的路线是上海-香港（停留3天）-台湾-香港-上海。目前上海-香港的往返和香港-台北的往返可能要分开预定，不能定联程。我问了航空公司，上海-香港往返段必须用港澳通行证定。我的问题是：上海出关去香港的时候，用港澳通行证拿登机牌，用台湾通行证出关是否可行（香港过境免签7天）？如果可行，想问一下从香港返回上海拿登机牌的时候，虽然出示港澳通行证，但是上边没有出入境记录，航空公司会否给登机牌？谢谢。