行程已定，请教整个行程的交通方案及东京住宿

我于9.29-10.7 上海-东京往返,9日自由行.行程粗略安排如下, 各位大大,帮忙看看是否合理并多提意见.
9.29 上海飞东京 13:00左右抵达成田机场. 东京半日游,计划买个单反。宿东京,酒店未定。
9.30 东京-箱根 中午左右从东京出发. 宿箱根,酒店已定.
10.1 箱根-京都 计划快车过去,比如新干线等.箱根半日游+京都半日游. 宿京都, 酒店已定.
10.2 京都-美秀博物馆-京都 去美秀博物馆半天,回来京都室内半日游. 宿京都, 酒店已定.
10.3 京都一日游 寺庙+民居. 宿京都,酒店已定.
10.4 京都-奈良 京都半日游(看情况,也可能早点出发去奈良), 奈良半日游. 宿奈良,酒店已定.
10.5 奈良-东京 奈良大半日游, 下午3点左右,从奈良到京都,计划新干线等快车. 到达东京后如有时间,逛街购物. 宿东京,酒店未定.
10.6 东京一日游 上野公园(东京国立博物馆,浮世绘相关的美术馆), 吉卜力博物馆,晚上购物 宿东京, 酒店未定
10.7 东京购物一日游 晚上7点的飞机,成田机场飞上海.
东京的住宿未定,求推荐. 另外,最大的问题就是整个行程该买什么票,通票还是单买. 我看了好像东京到箱根没有新干线,必须做私营小火车.那么从箱根-京都, 京都-奈良, 奈良-东京, 城市之间我想做快一点的车,比如新干线,买什么票比较适合?