香港入境台湾

我同时申请了港澳通行证（香港两次），和台湾通行证以及如台证。我打算上海-香港-台北-香港-上海。请问有没有问题，算不算香港两次入境呢？从香港出境去台北的时候到底在哪个证上盖章呢。