旧金山飞纽约，7月7日夜里11点半到纽约，咨询住

各位长老好，我和我妹妹从旧金山到纽约，到达JFK的时间为23：:30（不误点的话），因为这个尴尬的时间，咨询住宿问题。
考虑到换酒店麻烦，就想3晚全部在曼哈顿，如果直接从JFK坐Airtrain直接去Jamaica，转E线去曼哈顿，不知这个时间轨道交通人多吗，人多就应该比较安全的。E线在40-50街附近下估计要夜里1点左右，是不是曼哈顿还是挺热闹的，那个街区是不是比较安全啊？
请各位在纽约有夜游，搭车经验的长老大大帮忙，小弟在此谢过。
如果实在太晚，还是选择在JFK附近居住，也有人说住JFK附近好像反而不安全，而且住宿也差不多贵，条件又不理想，请明示。
谢谢各位呀！！！！