请问JR PASS除了某些新干线不能坐以外还有哪些限

1、JR列车是不是不管普通还是特急都可以乘坐？
2、另外，如果想指定新干线座位还需要另外收费吗？
3、一般乘车前可以在哪里预定指定席呢？
谢谢各位回答！