中国护照台湾过境转机问题

请问我持大陆护照，订的香港航空从香港往返台北，然后酷航的台北往返东京的机票，从香港到台北是凌晨1点钟，然后早上7点的飞机从台北去东京，可以直接过境转机吗？如果可以的话不知道晚上机场里可不可以逗留？而且我的机票不是联程机票，是分开买的往返机票。现在手里有入台证，但是打算从日本回来的时候入境台湾玩几天再回香港，现在被台湾过境转机难住了。