求助，经吉隆坡机场回香港再回广州的签证问题

我的行程是广州-吉隆坡-兰卡威-槟城-吉隆坡-香港，请问要办理两次马来西亚签证吗？还有香港的通行证要办签注吗？我本来是订了槟城-香港的机票的，但今天亚航通知该航班取消了，要我改成槟城-吉隆坡-香港，那客服小姐提醒我可能要办两次马来西亚签证，理由是我在槟城-吉隆坡一程已经出境了，转机要再入境，我都被她说得晕晕的了。。。。