有香港逗留签注，现有泰签，从深圳出境飞泰国

我是在港学生一枚，有香港长期逗留签注和香港身份证（没有开通e通道），因为亚航刷票的时候从深圳飞曼谷比香港直飞便宜而订了深圳飞曼谷的机票，已办好泰签。


打算流程如下，15日，香港出境（通行证），深圳入境（通行证），深圳出境（护照），曼谷入境（护照）
27日，曼谷出境（护照）， 香港入境（通行证）


我的问题是，如果我从泰国回来的时候直接飞香港，我该用什么入境啊，如果用通行证的话是肯定没问题的，但是这样的话我的护照上不是只有深圳海关的出境章没有入境章了？且我的通行证上是不是就只有深圳入境章没有出境章了（因为从深圳出境用的是护照去泰国）？


求大神们解答啊。。。。。。。。之前都是香港出香港进第一次遇到这种问题。。。。。


各种迷惑中。。。。。


谢谢啦。