持护照回澳门，直接乘船去香港，用什么证件出

各位友友，在下有个问题请教，我是持护照从曼谷回澳门，然后直接乘船去香港，这个时候是用护照出澳门，通行证进香港的，那么请问，从香港出到深圳，我是该用什么证件呢，如果用通行证，我的护照不是就没有我入境记录了么？求解答，谢谢先！