米兰机场转机到里斯本，申请一次入境的申根签

我在成都德国领事馆申请的旅游签证，给的是一次入境的签证。
我订的机票是坐阿提哈德的飞机从成都到米兰马尔本撒机场，然后等4个小时在同一个机场转葡萄牙航空的飞机到里斯本。
回来的时候从里斯本飞马尔本撒，然后再做阿提哈德航空的飞机回成都。

因为是不同的航空公司，可能会在不同的地方登机，我怕到时候换乘飞机需要入关，然后再出关，一次入境的签证能用吗？