关于签证的问题，有些乱，请大家看看

我打算下个月去台湾，然后去马来西亚，

1、我申请办理了大陆居民出入台湾通行证，从深圳过境到香港，再从香港到台湾。

2、我已经办好了马来西亚的签证。


我想问，我在台湾接去马来西亚是否可以？如果我直接去了马来西亚，然后从马来西亚直接回广州，那么我当初从深圳过境到香港时的港澳证的出境章盖完了。我直接回广州，港澳证上是不是就没有了入境章？那就等于出去了，没回来。我该怎么办？