求日本自由行行程规划的指教

今天偶然看到国庆期间昆明飞大阪的特价机票，准备利用国庆假期去日本逛一下，大致的行程如下：

9月27日早6点到达大阪关西机场，然后直接新干线去东京（主要是考虑国内还没有放假，估计迪士尼还没有大量的游客吧，所以先在东京）

9月28日迪士尼

9月29日东京

9月30日东京

10月1日早上新宿乘车---河口湖，晚上住温泉酒店

10月2日富士山，晚上乘夜行巴士--大阪

10月3日京都

10月4日京都

10月5日大阪，下午在关西机场乘飞机返回

1、由于只有预订昆明--大阪往返的机票才有优惠，所以进出日本都只能从关西机场，这样规划行程是否妥当呢？

2、考虑到JR PASS不能用于河口湖这段，我们这个行程JR PASS是不是就没有购买的必要了？

3、打算在京都的2天购买一日通汽车票，在大阪的第一天和最后一天有必要购买JR WEST PASS一日周游卷吗？好像看到从新大阪到关西机场单程就是2470日元呢。在东京的4天，我们都买汽车一日卷好用吗？

4、到了河口湖要上富士山的话，怎么上？

另外，假如我们先买机票，后签证，在签证的时候被北京领区的大使馆拒了，还可以再拿去重庆使馆签吗？或者还可以拿去北京接着签。

谢谢各位请给予指点~~