从海外去台湾，还是那个纠结的证件问题

我在美国上学，计划去日本玩，再从日本去台湾，最后回国。

可是，查到的机票最便宜的竟然是经过浦东转机的。

我本来都已经申请了入台证，结果既然要经过内地，就很担心需不需要大陆居民台湾通行证。

请问各位这种情况应该如何办理呢？

谢谢了。